国立環境研究所琵琶湖分室と連携し、琵琶湖の水・湖底環境や在来魚等に関する調査研究を実施するとともに、研究成果等を水環境ビジネスやエコツアーに活用し、琵琶湖の保全再生および地域資源の活用を推進する。