平成11年4月に「感染症の予防および感染症の患者に対する医療に関する法律」が施行され、この法律に基づいて「感染症発生動向調査事業実施要綱」が厚生省より通知されました。滋賀県においても、「滋賀県感染症発生動向調査事業実施要綱」が制定され、滋賀県衛生科学センターに感染症情報センターが設置されました。感染症情報センターでは、県内のそれぞれの地域における患者情報および病原体情報を収集・解析し、これらの情報を提供しています。
定点医療機関数の変更にあわせて、令和6年4月1日に「滋賀県感染症発生動向調査事業実施要綱」を改正しています。